Setten hikâyeler

1x13 numaralı "Cinsiyet Değiştiren" bölümünde, 5. dakikada Mulder cesedi incelerken bu "cesedin" göz kırptığı görülüyor.

Во второй серии второго сезона, на руке первой жертвы есть татуировка: надпись «ДМИТРИЙ» кириллицей. Но вместо русской буквы М — английская W. Позже на фотографии, которую Скалли показывает Малдеру, ошибка исправлена. При этом надпись на руке и на фотографии отличается тем, что на руке все буквы закрашены, тогда как на фото первая буква И закрашена лишь частично.

Dizide Mulder'ın telefon numarası 555-0199. Bu numara aynı zamanda «Amerikan Güzeli» (1999) filmindeki Berman ailesine de ait. Aynı telefonu Al Pacino, «Köstebek» (1999) filminde Russell Crowe'un telesekreterine bırakıyor.

Mulder (ilk sezonda) Glock tabanca ve ayak kılıfında Walther kullanıyor. Scully ise yalnızca Walther PPK/S kullanıyor.

Dizi, Stephen King'in «Tom Gordon'ı Seven Kız» adlı kitabında geçmektedir.

İkinci sezondan itibaren Alex Krycek'i canlandıran Nicholas Lea, 1x13 «Transseksüel» («Gender Bender») bölümünde de kurbanlardan biri olarak görülebilir; Scully ve Mulder onu hastanede yaklaşık 35. dakikada sorgular.

İlk bölümde (Pilot) uçakta Scully'nin arkasında oturan kişi David Duchovny'nin babasıdır.

Fox Mulder ve Dana Scully dizi boyunca kiralık araba kullanır. Üstelik arabaları sağlayan şirket her zaman aynıdır ve adı Lariat'tır (bu, ajanların arabalarının tamponlarındaki çıkartmalardan anlaşılır).

Dokuzuncu sezonun ikinci bölümü (Nothing Important Happened Today II) Chad Keller'a (Chad Keller) adanmıştır ve bu, bölümün kapanış jeneriğinden önce belirtilir. Chad Keller, havacılık ve uzay sanayisinde çalışan bir bilim insanıydı ve Chris Carter ile eşinin yakın bir arkadaşıydı. Eylül 2001'de New York'taki terör saldırısı sırasında hayatını kaybetti.

Gizli güzergâhı olan «Piper Maru» gemisi, «Alien vs. Predator» (2004) filminde de yer alır.