Huston, 14 Mayıs 1962'de Roma'da yönetmen John Huston'ın ailesinde doğdu; Angelica Huston ve senarist Tony Huston'ın baba tarafından kardeşi, aktör Jack Huston'ın amcası ve Oscar ödüllü Walter Huston'ın torunudur.

1988'de babası John Huston, Thornton Wilder'ın "Theophilus North" adlı romanından uyarlanan ilk filmi "Mr. North"u yönetti. 1995'te Nicolas Cage ve Elisabeth Shue ile birlikte rol aldığı "Las Vegas'ı Terk Etmek" filmi ona büyük bir başarı getirdi. Bunun ardından Danny Huston, John Sayles'ın "Silver City" ve Orson Welles'in "Fade to Back" filmleri de dahil olmak üzere 20'den fazla filmde rol aldı. Ayrıca Hugh Jackman ile birlikte "X-Men Başlangıç: Wolverine" filminde de oynadı.