Malik Zidi wurde in Châtenay-Malabry als Sohn eines kabylischen Algeriers und einer Bretonin geboren. Seine prägenden Jahre verbrachte er in Saint-Maur-des-Fossés, einem Vorort von Paris. Zidi brach früh eine reguläre Ausbildung ab, um sich auf eine Karriere in der Komödie zu konzentrieren. Nach Kursen am Théâtre Véronique Nordey und am Théâtre de Proposition in Paris studierte er kurzzeitig Akrobatik und Mimik am Théâtre de la Piscine und Film an der Studio Pygmalion. Zidis erste Filmrolle war 1998 in „Offene Körper“ unter der Regie von Sébastien Lifshitz.

Im Jahr 2000 wurde Zidi von Regisseur François Ozon für die Rolle des zerrissenen, verliebten, bisexuellen jungen Mannes Franz in dem mit dem Teddy Award ausgezeichneten Film „Tropfen auf heiße Steine“ (französisch: Gouttes d'eau sur pierres brûlantes) ausgewählt. Der Film basiert auf dem Stück „Tropfen auf heiße Steine“ des deutschen Filmregisseurs und Drehbuchautors Rainer Werner Fassbinder. Es handelt sich um eine vierteilige Komödiendrama, die vollständig an einem Schauplatz und mit nur vier Schauspielern gedreht wurde: Zidi, Bernard Giraudeau, Ludivine Sagnier und die amerikanische Schauspielerin Anna Levine. Zidis Rolle in „Tropfen auf heiße Steine“ brachte ihm die erste von vier Nominierungen für den César ein.

Malik Zidi setzte seine Karriere mit Rollen im Film „Ein Moment des Glücks“ (2002) unter der Regie von Antoine Santana (englisch: One Moment of Happiness) an der Seite von Isild Le Besco fort und erhielt eine zweite César-Nominierung als vielversprechendster Nachwuchsschauspieler. Im Jahr 2004 trat er in André Téchinés Liebesdrama „Zeiten ändern sich“ (englischer Verleihtitel: Changing Times) als Sami auf, der bisexuelle Sohn von Cécile (gespielt von Catherine Deneuve), der seine Eltern in Tanger besucht, um seinen marokkanischen Freund zu sehen. In dem Film spielte auch der Schauspieler Gérard Depardieu mit, und er wurde für den Satellite Award nominiert. Zidi erhielt seine dritte César-Nominierung.

Im Jahr 2006 trat Zidi in Emmanuel Bourdieus Drama „Giftige Freundschaften“ (englischer Verleihtitel: Poison Friends) auf. Der Film wurde bei den Filmfestspielen von Cannes gezeigt, und Bourdieu erhielt den Grand Prix der Woche der Kritik und den Grand Prix „Goldene Schienen“. Der Film erhielt außerdem den SACD-Preis für das Drehbuch, und Zidi wurde erneut für den César nominiert und erhielt 2007 die Auszeichnung als vielversprechendster Nachwuchsschauspieler.