Malik Zidi nació en Châtenay-Malabry, hijo de padre argelino cabilio y madre bretona. Pasó sus años de formación en Saint-Maur-des-Fossés, un suburbio de París. Zidi abandonó sus estudios convencionales temprano para concentrarse en una carrera en la comedia. Tras cursos en el Théâtre Véronique Nordey y el Théâtre de Proposition en París, estudió brevemente acrobacia y mímica en el Théâtre de la Piscine y cine en el Studio Pygmalion. Zidi hizo su primera aparición cinematográfica en la película de 1998 dirigida por Sébastien Lifshitz, Les Corps ouverts.

En 2000, Zidi fue elegido por el director François Ozon para aparecer como el problemático, enamorado y bisexual joven Franz en la película ganadora del Teddy Award, Gotas de agua sobre piedras calientes (en francés: Gouttes d'eau sur pierres brûlantes). La película se basó en la obra Tropfen auf heisse Steine del director y guionista alemán Rainer Werner Fassbinder. La película es una comedia dramática en cuatro partes rodada íntegramente en un solo decorado y con solo cuatro actores: Zidi, Bernard Giraudeau, Ludivine Sagnier y la actriz estadounidense Anna Levine. El papel de Zidi en Gotas de agua sobre piedras calientes le valió su primera de cuatro nominaciones al Premio César.

Malik Zidi continuó con papeles en la película de 2002 dirigida por Antoine Santana, Un moment de bonheur (en inglés: One Moment of Happiness), junto a Isild Le Besco, obteniendo su segunda nominación al Premio César al Actor Más Prometedor. En 2004, apareció en el drama romántico dirigido por André Téchiné, Les Temps qui changent (título de estreno en inglés: Changing Times) como Sami, el hijo bisexual de Cécile (interpretada por Catherine Deneuve), que visita a sus padres en Tánger para poder visitar a su novio marroquí. La película también fue protagonizada por el actor Gérard Depardieu y fue nominada a un Satellite Award. Zidi recibió su tercera nominación al Premio César.

En 2006, Zidi apareció en el drama de Emmanuel Bourdieu, Les Amitiés maléfiques (título de estreno en inglés: Poison Friends). La película se presentó en el Festival de Cannes y Bourdieu recibió el Gran Premio de la Semana de la Crítica y el Gran Golden Rail. La película también ganó el Premio de Guion de la SACD y Zidi fue una vez más nominado a un Premio César, ganando el Premio al Actor Más Prometedor 2007.