Shirley Henderson wurde am 24. November 1965 im schottischen Dorf Forres in der Region Moray geboren. Sie wuchs jedoch in einem anderen Dorf auf – Kincardine (Fife, Schottland).

Schon als Kind begann Henderson, in lokalen Clubs, Wohltätigkeitsorganisationen und bei verschiedenen Festen zu singen. Nach der Schule besuchte Shirley einen Theaterclub. Mit 17 Jahren, nach dem Abschluss des Colleges in Fife, zog Shirley nach London, wo sie drei Jahre lang Schauspiel an der Guildhall School of Music and Drama studierte.