Shirley Henderson, 24 Kasım 1965'te İskoçya'nın Moray bölgesindeki Forres köyünde doğdu. Ancak Shirley başka bir köyde, Kincardine'de (Fife, İskoçya) büyüdü.

Henderson daha çocukken yerel kulüplerde, hayır kurumlarında ve çeşitli kutlamalarda şarkı söylemeye başladı. Okuldan sonra Shirley bir tiyatro kulübüne katıldı. 17 yaşında Fife'daki koleji bitirdikten sonra Shirley, oyunculuk eğitimi almak üzere üç yıl boyunca Guildhall Müzik ve Tiyatro Okulu'na devam ettiği Londra'ya taşındı.