Mark nació el 30 de mayo de 1964 en Londres, Inglaterra, en la familia del famoso actor William Morgan Sheppard, y más tarde siguió sus pasos y se convirtió en actor. Mark apareció por primera vez en pantalla en la serie «Silk Stalkings», donde interpretó pequeños papeles en dos episodios. El verdadero impulso en la industria cinematográfica llegó tras su papel en la película "En el nombre del padre", ya que después de eso comenzó a actuar en series populares como "Embrujadas", "Expediente X", "Soldados de fortuna" (uno de los papeles principales), aunque uno de los papeles más memorables de Mark es precisamente el demonio Crowley.

En 2004, Mark se casó con Jessica Mark, con quien tuvo dos hijos: Maximilian y William. En diciembre de 2014 se separaron. Actualmente está comprometido con Sarah Fudge, quien el 26 de septiembre de 2015 anunció en su Twitter que estaba embarazada. El 1 de marzo de 2016 la pareja tuvo una hija: Isabella Rose Sheppard.