Ilja Schakunow besuchte in seinen Schuljahren das Studio des bekannten Schauspielers Igor Gorbatschow. Nach dem Schulabschluss trat er in das Sankt Petersburger Medizinische Institut ein und wechselte später an die Fakultät für Automatik und Rechentechnik des Leningrader Elektrotechnischen Instituts namens W. I. Uljanow (Lenin). Nach einiger Zeit brach er jedoch das Institut ab und legte die Prüfungen am Leningrader Staatlichen Institut für Theater, Musik und Kinematographie ab.

Am Theaterinstitut studierte er im Kurs von Weniamin Filschtinski. 1996 schloss er das LGITMiK ab. Auf Einladung des künstlerischen Leiters des Leningrader Jugendtheaters, Andrei Andrejew, trat er in die Truppe dieses Theaters ein. Neben dem Jugendtheater spielte er auch in Aufführungen von Roman Wiktjuk. Ab 1993 begann er, in Filmen mitzuwirken. Ab 2002 war er Präsident der Schauspielagentur des Produktionszentrums „Brat“.