Ілля Шакунов у шкільні роки займався в студії відомого актора Ігоря Горбачова. Після закінчення школи вступив до Санкт-Петербурзького медичного інституту, потім перевівся на факультет автоматики та обчислювальної техніки Ленінградського електротехнічного інституту ім. В.І. Ульянова (Леніна). Однак через деякий час кинув інститут і склав іспити до Ленінградського державного інституту театру, музики і кінематографії.

У театральному інституті навчався на курсі Веніаміна Фільштинського. 1996 року закінчив ЛГІТМіК. На запрошення художнього керівника ленінградського ТЮГу Андрія Андрєєва увійшов до трупи цього театру. Крім ТЮГу грав у виставах Романа Віктюка. З 1993 року почав зніматися в кіно. З 2002 — президент акторського агентства продюсерського центру «Брат».