Илья Шакунов в школьные годы занимался в студии известного актёра Игоря Горбачева. После окончания школы поступил в Санкт-Петербургский медицинский институт, затем перевелся на факультет автоматики и вычислительной техники Ленинградского электротехнического института им. В.И. Ульянова (Ленина). Однако, через некоторое время бросил институт и сдал экзамены в Ленинградский государственный институт театра, музыки и кинематографии.

В театральном институте учился на курсе Вениамина Фильштинского. В 1996 году окончил ЛГИТМиК. По приглашению художественного руководителя ленинградского ТЮЗа Андрея Андреева, вошел в труппу этого театра. Помимо ТЮЗа играл в спектаклях Романа Виктюка. С 1993 года начал сниматься в кино. С 2002 года - президент актёрского агентства продюсерского центра «Брат».