En sus años escolares, Ilya Shakunov estudió en el estudio del famoso actor Igor Gorbachev. Tras terminar la escuela, ingresó en el Instituto Médico de San Petersburgo y luego se trasladó a la facultad de automatización e informática del Instituto Electrotécnico de Leningrado V. I. Ulyanov (Lenin). Sin embargo, al cabo de un tiempo abandonó el instituto y aprobó los exámenes para el Instituto Estatal de Teatro, Música y Cinematografía de Leningrado.

En el instituto de teatro estudió en el curso de Veniamin Filshtinsky. En 1996 se graduó en el LGITMiK. Por invitación del director artístico del Teatro Juvenil de Leningrado, Andrei Andreev, se incorporó a la compañía de ese teatro. Además del Teatro Juvenil, actuó en las obras de Roman Viktyuk. En 1993 comenzó a actuar en cine. Desde 2002 es presidente de la agencia de actores del centro de producción «Brat».