John Donkin wurde 2003 für einen Academy Award nominiert als Produzent von Gone Nutty, einem animierten Kurzfilm, der bei Blue Sky Studios entstand und die beliebte Figur Scrat aus den „Ice Age“-Filmen zeigt. Donkin kam 1998 als technischer und administrativer Leiter zu Blue Sky Studios. Eines seiner ersten Projekte war die Mithilfe bei der Fertigstellung des Oscar-prämierten Kurzfilms Bunny. Er entwickelte die Produktionslinie für Blue Skys erstes abendfüllendes Animationsfilmprojekt, Ice Age, bevor er Associate Producer des Films wurde. Donkin produzierte anschließend mehrere weitere Projekte von Blue Sky Studios, darunter Rio und Rio 2, die zu einem weltweit erfolgreichen Franchise wurden, Ice Age: Dawn of the Dinosaurs, der weltweit über 887 Millionen Dollar einspielte, Ice Age: Continental Drift, Robots und den Oscar-nominierten Kurzfilm Blue Sky No Time for Nuts.

Donkin begann seine Karriere in der Computeranimation 1983, als er bei der weltbekannten CGRG (Computer Graphics Research Group) an der Ohio State University studierte. Danach wurde er Senior Animator beim wegweisenden Computergrafikunternehmen Cranston/Csuri Productions.