Джон Донкін отримав номінацію на премію «Оскар» у 2003 році як продюсер фільму «Горіхова справа», анімаційного короткометражного фільму, створеного на Blue Sky Studios з популярним персонажем Скратом із фільмів «Льодовиковий період». Донкін приєднався до Blue Sky Studios у 1998 році як технічний і адміністративний директор. Одним із його перших проєктів була допомога в завершенні оскароносного короткометражного фільму «Банні». Він розробив виробничу лінію для першого повнометражного анімаційного проєкту Blue Sky «Льодовиковий період», перш ніж стати асоційованим продюсером фільму. Донкін продовжив продюсувати кілька інших проєктів Blue Sky Studios, зокрема «Ріо» та «Ріо 2», які стали глобально успішною франшизою, «Льодовиковий період: Ера динозаврів», який зібрав понад 887 мільйонів доларів у всьому світі, «Льодовиковий період: Континентальний дрейф», «Роботи» та номінований на «Оскар» короткометражний фільм «Blue Sky No Time for Nuts».

Донкін розпочав свою кар'єру в комп'ютерній анімації у 1983 році, де навчався у всесвітньо відомій CGRG (Computer Graphics Research Group) в Університеті штату Огайо. Згодом він став старшим аніматором у піонерській компанії комп'ютерної графіки Cranston/Csuri Productions.