John Donkin, 2003'te Blue Sky Studios'ta "Ice Age" filmlerinin sevilen karakteri Scrat'in yer aldığı animasyon kısa filmi Gone Nutty'nin yapımcısı olarak Akademi Ödülü'ne aday gösterildi. Donkin, 1998'de Blue Sky Studios'a teknik ve idari yönetmen olarak katıldı. İlk projelerinden biri, Oscar kazanan kısa film Bunny'nin tamamlanmasına yardımcı olmaktı. Blue Sky'ın ilk uzun metrajlı animasyon filmi projesi Ice Age'in prodüksiyon hattını geliştirdi ve ardından filmin ortak yapımcısı oldu. Donkin, daha sonra küresel olarak başarılı bir seri haline gelen Rio ve Rio 2, dünya çapında 887 milyon doların üzerinde hasılat yapan Ice Age: Dawn of the Dinosaurs, Ice Age: Continental Drift, Robots ve Oscar'a aday gösterilen kısa film Blue Sky No Time for Nuts dahil olmak üzere Blue Sky Studios'un birçok başka projesini yapımcı olarak üstlendi.

Donkin, bilgisayar animasyonu kariyerine 1983'te Ohio State University'de dünyaca ünlü CGRG (Computer Graphics Research Group) ile çalıştığı sırada başladı. Ardından öncü bilgisayar grafikleri şirketi Cranston/Csuri Productions'ta kıdemli animatör oldu.