В 2003 году Джон Донкин был номинирован на премию «Оскар» как продюсер короткометражного анимационного фильма «Gone Nutty», созданного на студии Blue Sky Studios с участием популярного персонажа Скрата из фильмов «Ледниковый период». Донкин присоединился к Blue Sky Studios в 1998 году в качестве технического и административного директора. Одним из его первых проектов стала помощь в завершении отмеченного «Оскаром» короткометражного фильма «Bunny». Он разработал производственную линию для первого полнометражного анимационного проекта Blue Sky — «Ледникового периода», после чего стал ассоциированным продюсером фильма. В дальнейшем Донкин продюсировал несколько других проектов Blue Sky Studios, включая «Рио» и «Рио 2», ставшие глобально успешной франшизой, «Ледниковый период 3: Эра динозавров», собравший по всему миру более 887 миллионов долларов, «Ледниковый период 4: Континентальный дрейф», «Роботов» и номинированную на «Оскар» короткометражку Blue Sky «No Time for Nuts».

Свою карьеру в компьютерной анимации Донкин начал в 1983 году, где обучался в всемирно известной CGRG (Computer Graphics Research Group) при Университете штата Огайо. Затем он стал старшим аниматором в пионерской компании по компьютерной графике Cranston/Csuri Productions.