Gautham Menon a étudié l'ingénierie mécanique au Mookambigai College of Engineering et a obtenu son diplôme en 1993. Son passage dans cet établissement l'a inspiré pour faire de ses personnages principaux de Minnale et Vaaranam Aayiram des étudiants de la même filière. Il affirme avoir été inspiré par des films tels que Le Cercle des poètes disparus et Nayagan, et avoir exprimé à ses parents son désir de changer de voie professionnelle pour devenir cinéaste.

Il a ensuite écrit son premier film dans l'auberge de son collège. Sa mère a insisté pour qu'il devienne réalisateur de films publicitaires en tournant diverses publicités, et il a fait un apprentissage auprès du cinéaste Rajiv Menon. Il a ensuite travaillé comme assistant réalisateur pour Minsaara Kanavu en 1997, dans lequel il est également apparu dans un caméo.