Костянтин Хабенський народився в місті Ленінград, РРФСР, СРСР. У 1981 році разом із сім'єю переїхав до Нижньовартовська, де прожив чотири роки. У 1985 році сім'я повернулася до Ленінграда. Закінчивши вісім класів середньої школи № 486 (де працювала вчителькою математики його мама), вступив до Ленінградського технікуму авіаційного приладобудування й автоматики, але після третього курсу забрав документи, усвідомивши, що технічна спеціальність не для нього. Працював полотером, двірником, вуличним музикантом, монтажником у театрі-студії «Субота». У 1990 році вступив до Ленінградського державного інституту театру, музики і кінематографії (ЛГІТМіК) (з 1993 - СПбДАТІ) (майстерня В. М. Фільштинського). За роки навчання зіграв низку великих ролей: Ломова у водевілі «Жарти» А. П. Чехова, кілька ролей у постановці «Час Висоцького», канатохідця Матто у «Дорозі» Ф. Фелліні, Чебутикіна у «Трьох сестрах». Випускна робота - Естрагон (Гого) у постановці Ю. Бутусова «Чекаючи на Годо». У 1994 році зіграв першу, невелику роль у кіно («На кого Бог пошле»). У 1995 році, закінчивши СПбДАТІ, був прийнятий до Експериментального театру «Перехрестя» в Санкт-Петербурзі, де прослужив один рік. Одночасно працював на регіональному телебаченні як ведучий відділу музичних та інформаційних програм. У 1996 році Хабенський перейшов до московського театру «Сатирикон» імені Аркадія Райкіна. Тут молодий актор був зайнятий, переважно, на другорядних ролях.

Серед його робіт - вистави «Тригрошова опера» та «Сірано де Бержерак». У 1998 році знявся одразу в трьох картинах: у російсько-угорській детективно-фантасмагоричній мелодрамі Томаша Тота «Наташа», соціальній драмі А. Ю. Германа «Хрустальов, машину!» та мелодрамі Дмитра Месхієва «Жіноча власність». За роботу в картині Дмитра Месхієва Хабенському було присуджено премію в номінації «Найкраща чоловіча роль» на Гатчинському кінофестивалі «Література і кіно». Незабаром Костянтин зіграв невелику роль у трилері Миколи Лебедєва «Шанувальник» (1999). Наступною помітною роботою в кіно стала головна роль у драмі Володимира Фокіна «Дім для багатих» (2000). Популярність Хабенському приніс серіал «Убойная сила» (2000—2005); телеглядачі запам'ятали його як Ігоря Плахова. Найбільшу популярність Хабенському принесли фільми «Нічний дозор» (2004) і «Денний дозор» (2005). Персонаж фільму Антон Городецький став однією з найвідоміших ролей Костянтина. У 2006 році актор знявся в картині «Час пік» за романом Єжи Ставінського. Далі багато працює в кіно: зіграв Костю Лукашина в «Іронії долі. Продовження» (2007) і Олександра Колчака у фільмі «Адмірал» (2008), у 2010 році знявся в головній ролі В'ячеслава Колотілова у фільмі «Викрутаси» режисера Левана Габріадзе, у 2012 - у ролі Олексія Турбіна в телесеріалі «Біла гвардія».