Джон Гопкінс народився в Лутоні й з 1993 по 1996 рік вивчав англійську мову в Університеті Лідса. Ще студентом він приєднався до університетської драматичної групи й з'явився в кількох виставах, зрештою здобувши нагороду «Sunday Times» як студент-актор за роль у «Короткій п'єсі про секс і смерть». Зміцнивши таким чином свої акторські здібності, Джона прийняли до Лондонської Королівської академії драматичного мистецтва, яку він закінчив у 2000 році. Майже одразу його запросила престижна Королівська шекспірівська компанія, з якою він відіграв свій перший репертуарний сезон з 2001 по 2002 рік. Приблизно в цей час його зовнішність сприяла телевізійним пропозиціям, і після другорядних ролей у «Коханні в холодному кліматі» та «Суді й відплаті 7» йому запропонували й він прийняв роль, за якою він найбільше відомий не театральним глядачам, — сержанта Скотта в дедалі важчому, але популярному британському детективному телесеріалі «Вбивства в Мідсомері» (1997).

Віддамо йому належне: він залишив серіал після сезону 2004–2005 років і повернувся до Королівської шекспірівської компанії на сезон 2006–2007 років у Лондоні та Стретфорді-на-Ейвоні, граючи Цезаря разом із Патріком Стюартом в «Антонії та Клеопатрі». Останнім часом його сценічні ролі включали Річарда Ганнея в комедійній чотириособовій версії «39 сходинок» Патріка Барлоу, Річарда I в новій п'єсі «Святі воїни» в театрі «Глобус» Шекспіра та Бенедика в «Багато галасу даремно», виступ, який The Guardian назвав таким, що «підтверджує Гопкінса як одного з наших найкращих шекспірівських акторів». Повернувшись на телебачення, він був лиходієм у «Щасливчику Стенлі Лі» та грав сера Френсіса Бассета у двох сезонах драми BBC «Полдарк». У статті 2020 року в The Times (Лондон) його назвали одним із «10 найкращих британських акторів на сцені зараз».